El edificio ocupa el espacio del antiguo lazareto sucio, situado en la isla de San Antón, que sirvió también como acuartelamiento militar en la época de la colonia penitenciaria y como clínica del Hogar Méndez Núñez. El viejo inmueble de albañilería conocido cómo "hospitalillo", compuesto de sótano, primera planta destinada la clínica y azotea fue restaurado respetando su morfología y distribución para albergar un centro de interpretación especializado en la historia de las islas.
Cuenta con salas de reuniones, despacho y centro de documentación, además de una biblioteca con veinte puestos de lectura. Esta alberga una colección de libros sobre el contorno de la ría de Vigo, naturaleza, historia, arte, costumbres de Galicia, literatura medieval, memoria histórica y música gallega.
