Probablemente habitado desde la prehistoria y durante la romanización de la Península Ibérica, no existe documentación sobre la presencia del hombre en este espacio hasta el siglo XII, cuando se confirma la existencia de un monasterio fundado por la Orden del Temple, que permanecerá asentada en la isla hasta el siglo XIII.
A partir de ese momento, tres son los períodos más destacados en la historia de San Simón, y absolutamente diferentes entre sí.
De los asentamientos religiosos que alojaron en la época medieval y las incursiones corsarias y batallas navales que sufrieron en siglos posteriores, las islas pasaron a convertirse en un lazareto marítimo, lo que supuso una transformación absoluta de su fisonomía y propició un gran desarrollo del puerto de Vigo.
A principios del siglo XX, tras lo cierre definitivo del archipiélago como espacio de cuarentena, de aislamiento para enfermos infecciosos y de reposo de convalecientes, se abriría el capítulo más amargo de su historia, lo de la reclusión de presos políticos.
Teniendo siempre presente a homenaje que se les debe a los represaliados que sufrieron el horror de la Guerra Civil y la posguerra españolas, este negro episodio no debe desvirtuar la verdadera identidad de estas islas como fuente de inspiración, tierra de intercambio y diversidad cultural y motor económico para su contorno. Un pasado milenario que dio paso a un presente llenado de promesas de nuevo esplendor, en este caso presididas por el pensamiento, nuestro principal patrimonio.