A illa de San Simón, esgotada de sanguentas contendas, viviu un período de repouso ata a chegada dun novo inimigo aínda máis temible que as tropas e os navíos de guerra. O mar sería neste caso o transmisor de ata entón descoñecidas enfermidades infecciosas que se expandiron en Europa en pleno apoxeo do comercio exterior con Asia, América e África.
Estas epidemias mortais obrigaron a crear por todo o vello continente numerosas estacións de corentena nas que os pacientes infectados eran illados dos núcleos de poboación para evitar contaxios.
A historia contemporánea da illa comezaría o 1 de xuño de 1838, coa inauguración do lazareto marítimo de San Simón para complementar ao centro de Mahón, único ata entón en España, saturado de pacientes e situado no afastado Mediterráneo. A denominación coa que foron bautizados estes espazos débese á orde relixiosa militar creada durante as cruzadas para o coidado dos enfermos de lepra, unha afección que se coñecía como o Mal de San Lázaro pola crenza de que foi a que levou á morte ao irmán de María e Marta, resucitado por Xesús.
A construción da casa de pragas de San Simón foi un importante e custoso proxecto de enxeñaría e arquitectura que permitiría a transformación da illa nun centro sanitario non só para a acollida de enfermos, senón tamén para o control de infeccións e corentena dos tripulantes e pasaxeiros de barcos procedentes do exterior con destino aos portos de Galicia e de todo o norte peninsular.
Poucos anos despois de entrar en funcionamento, o centro foi clasificado como lazareto sucio, destinado ao ingreso de enfermos irrecuperables e desafiuzados, con graves enfermidades contaxiosas, recluídos na veciña illa de San Antón.
Por mor desta recalificación foi necesario separar a zona de corentena dos buques e a pasaxe, ocupada por San Simón, da illa dos pacientes contaxiosos, San Antón. Ambas estaban comunicadas por unha ponte flanqueada por dous portalóns que só poderían atravesar os enfermos terminais e as monxas que os coidaban.
A creación do lazareto supuxo a transformación definitiva da fisionomía das illas. Construíronse edificios con diferentes funcións, infraestruturas portuarias e de servizos para acoller aos numerosos buques que atracaban no pequeno arquipélago, así como espazos verdes entre os que se atopa o actual parque ou o Paseo dos Buxos, un dos grandes atractivos da illa que hoxe é un emblema de San Simón pola súa antigüidade e a súa singularidade.
Ao longo dos 85 anos de historia do lazareto atendeuse a tripulación e a pasaxe de miles de buques que debían transitar obrigatoriamente pola illa para pasar a inspección sanitaria e someterse á corentena. Isto implicaba o atraque temporal dos barcos e múltiples necesidades de aprovisionamento e organización, o que favoreceu a creación de empresas consignatarias e o auxe das actividades portuarias na ría de Vigo.
Por tanto, e a pesar do desgraciado do motivo, o lazareto criado nestas pequenas illas abriu a porta a un crecemento sen precedentes en Vigo e toda a súa comarca, chegando a converterse no principal porto da costa atlántica española e precipitando un rápido crecemento demográfico e un meteórico desenvolvemento industrial.
Este apoxeo foi languidecendo conforme avanzaban as investigacións sobre tratamento e prevención das enfermidades epidémicas. Así, desde finais do século XIX, e ata o peche definitivo en 1927, o lazareto acabou converténdose en centro de repouso e en sede para a celebración de diversos actos públicos.